吴祖昌，原名启清，字澄甫，城厢人。清道光二十一年(1841年)中进士。历任兵部主事、郎中，山西、四川道监察御史，江西抚州知府、南昌知府等职。
太平天国起义期间，吴祖昌曾上 书清廷，陈述镇压太平天国，收复江南的策略十四条。
任监察御史时，他不避权贵，曾检举揭发两广总督玩忽海疆以及广西藩司虚糜军饷，臬司防守不严等罪行，因而声威大振。任抚州知府期间，注意修城壕，储仓谷，募勇丁，办书院。
他还针对当地溺害女婴的陋习， 设立专门机构收养弃儿， 使不少女孩得以存活。同治七年(1866年)，任南昌知府兼督粮道，以遵理守法，政绩卓著而被称为江西循吏之最，不久，因母逝归乡终老。
吴祖昌平生好诗，著有《三树堂诗文集》。